石蠟DNA,RNA同時(shí)提取試劑盒
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit
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簡(jiǎn)介:
從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織切片中同時(shí)純化基因組DNA和總RNA(包括小RNAs)
1.使用小樣本量即可獲得大量純化產(chǎn)物
2.在純化同時(shí),保持DNA和RNA的完整性
3.高效分離RNA和DNA
4.對(duì)同一FFPE樣本進(jìn)行全面的DNA和RNA分析
如要對(duì)基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行可靠比較,則需從同一樣本中純化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用優(yōu)良的溶解方法,從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本中純化DNA和RNA。純化產(chǎn)物適用于real-time PCR和焦磷酸測(cè)序等應(yīng)用。
詳細(xì)信息:
性能
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit純化的DNA和RNA的質(zhì)量與使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit純化的產(chǎn)物的質(zhì)量相當(dāng)。因此,純化產(chǎn)物可用于焦磷酸測(cè)序、real-time PCR和RT-PCR等下游應(yīng)用。
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原理
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit專為從FFPE樣本中同時(shí)純化基因組DNA和總RNA而設(shè)計(jì)。該試劑盒可使用同一樣本純化DNA和RNA,而非像其他純化方法那樣,需將樣本分為兩份再分別進(jìn)行純化操作。如將樣本分為兩份分別純化DNA和RNA,其純化出的DNA和RNA來(lái)自不同的細(xì)胞群落,可能具有不同性質(zhì)特征。從同一樣本中同時(shí)純化DNA和RNA可減少浪費(fèi),因?yàn)镕FPE樣本是十分珍貴的樣本,通常很難恢復(fù)且樣本量少。
由于固定和包埋,F(xiàn)FPE樣本中的核酸通常都嚴(yán)重片段化,核酸的分子量通常小于從新鮮或冷凍樣本中分離出的核酸的分子量。從同一FFPE樣本中分離DNA和RNA面臨著很大困難:片段化的DNA長(zhǎng)度短,且部分是單鏈結(jié)構(gòu);因此其更像RNA,而非完整的DNA。片段化DNA這一特性使得用物理方法分離DNA和RNA十分困難。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用優(yōu)良的溶解方法,從同一個(gè)FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。
盡管標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)量控制分析(如凝膠電泳或芯片分析方法)無(wú)法檢測(cè)到甲醛的化學(xué)修飾,但其對(duì)酶分析有嚴(yán)重干擾。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過優(yōu)化,可zui大程度上逆轉(zhuǎn)甲醛化學(xué)修飾,而不引起DNA和RNA的進(jìn)一步降解。
操作流程
簡(jiǎn)單的流程可從同一個(gè)樣本中純化高品質(zhì)DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用優(yōu)良的溶解方法,從同一個(gè)FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。使用這種方法時(shí),F(xiàn)FPE樣本要在優(yōu)化的裂解緩沖液中孵育,使得RNA釋放出來(lái),而DNA形成沉淀。離心后,將含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分別處理,純化RNA和DNA。再次進(jìn)行孵育有一定的解交聯(lián)作用,然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute離心柱純化RNA和DNA。用柱上DNA酶處理純化的RNA,以有效去除DNA污染。根據(jù)RNA與離心柱的結(jié)合情況,純化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。對(duì)于純化后的DNA,可選擇性進(jìn)行柱上RNA酶消化,因?yàn)樵陔x心前的DNA和RNA分離步驟中RNA污染水平已達(dá)到zui低。
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應(yīng)用
盡管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過優(yōu)化,可zui大程度上逆轉(zhuǎn)福爾馬林化學(xué)修飾,而不引起DNA和RNA的進(jìn)一步降解;但從FFPE樣本中純化獲得的核酸不應(yīng)該用于需要大分子量DNA或完整長(zhǎng)度RNA的下游應(yīng)用。一些應(yīng)用可能需要進(jìn)行化學(xué)修飾后,再使用片段化核酸(如:設(shè)計(jì)PCR和RT-PCR的小擴(kuò)增子)。在cDNA合成中,應(yīng)使用基因特異性引物,而非oligo-dT引物。如果無(wú)法使用基因特異性引物,則可使用任意引物。
技術(shù)參數(shù):
特點(diǎn) | 參數(shù) |
---|---|
Applications | PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray |
Elution volume | RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl |
Format | Spin column |
Main sample type | FFPE tissue samples |
Number of preps per run | 50 |
Processing | Manual (centrifugation) |
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein | RNA (miRNA) and DNA |
Sample amount | max. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections |
Technology | Silica technology |
Time per run or per prep | 6h for 10 samples, including sectioning |
Yield | Varies |
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