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染料法和探針法熒光定量PCR(RT-qPCR)的優(yōu)缺點(diǎn)比較

來源:上海炎熙生物科技有限公司   2023年10月18日 13:10  

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一、熒光染料法(SYBR Green)


其原理是:在PCR反應(yīng)體系中加入過量熒光染料,DNA擴(kuò)增的過程中,熒光染料特異性地?fù)饺隓NA雙鏈,發(fā)射熒光信號(hào),隨著反應(yīng)的進(jìn)行,熒光強(qiáng)度逐漸增強(qiáng),并且可以實(shí)時(shí)測(cè)量。如果你要擴(kuò)增你的目標(biāo)樣品40個(gè)循環(huán),在最后一個(gè)循環(huán)結(jié)束時(shí)檢測(cè)到的熒光會(huì)比在第10個(gè)循環(huán)測(cè)得的熒光強(qiáng)很多。


優(yōu)點(diǎn):

1、成本較低,適合大規(guī)模的實(shí)驗(yàn)。

2、在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)階段非常省時(shí),因?yàn)樗恍枰线m的引物設(shè)計(jì)。


缺點(diǎn):

1、特異性不是很高。染料可以插入任何雙鏈DNA,包括引物二聚物和非特異性產(chǎn)物。

2、如果引物二聚體存在或者產(chǎn)物受到污染,得到的結(jié)果會(huì)不可靠。3、更容易與低豐度的目標(biāo)產(chǎn)生非特異性熒光。

需要更多的時(shí)間進(jìn)行結(jié)果分析。






二、寡核苷酸探針(Taqman)


這種方法涉及使用熒光標(biāo)記的寡核苷酸(短DNA分子),探針通常在5 '端和3 '端都被標(biāo)記。

在探針的5’端有報(bào)告基團(tuán),3’端設(shè)計(jì)淬滅基團(tuán),當(dāng)報(bào)告基團(tuán)接近淬滅基團(tuán)時(shí),不會(huì)檢測(cè)到熒光信號(hào)。RT-qPCR反應(yīng)時(shí),寡核苷酸兩個(gè)基團(tuán)分離,即可檢測(cè)到熒光信號(hào),并與PCR產(chǎn)物同步。


使用這種方法的熒光檢測(cè)依賴于兩個(gè)過程:1)引物與目標(biāo)序列的結(jié)合(2)探針與引物下游

互補(bǔ)序列的結(jié)合。


優(yōu)點(diǎn):

1、更有可能只放大所需的產(chǎn)物,由于引物和探針的結(jié)合具有特異性。

2、不需要解離曲線,只有探針與正確的目的序列結(jié)合時(shí)才能檢測(cè)到熒光。

3、由于具有特異性,數(shù)據(jù)更可靠。

4、數(shù)據(jù)分析時(shí)節(jié)省時(shí)間。


缺點(diǎn):

1、需要大規(guī)模實(shí)驗(yàn)時(shí)耗費(fèi)成本高。

2、需要更長(zhǎng)的時(shí)間來設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn),因?yàn)樾枰玫囊锖吞结槨?/p>




總的來說,這兩種熒光檢測(cè)方法都很有效,但對(duì)于你的具體實(shí)驗(yàn),可以選擇適合的方法。


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