一、紫外線殺菌
微生物受紫外光照射后，其蛋白質和核酸吸收了紫外光譜能量，會導致蛋白質變性，引起微生物死亡。
飲料灌裝生產(chǎn)設備中，輸蓋機為壓蓋機或者擰蓋機輸送瓶蓋。在輸蓋機儲料倉的上部或者輸送帶的上部安裝紫外線殺菌燈管，瓶蓋在被輸送的過程中接受紫外線照射，紫外線照射到的地方可以達到較好的殺菌效果。由于瓶蓋的透光性差，紫外線無法穿透瓶蓋照射到瓶蓋的另一側。因此，瓶蓋只能達到部分殺菌，且殺菌的表面是隨機的。為了有針對性地對瓶蓋表面殺菌，在壓蓋機或擰蓋機的瓶蓋下滑道上安裝紫外線殺菌燈，通過此處的瓶蓋已經(jīng)被整理成方向一致，紫外線照射的一面就是瓶蓋與飲料接觸的一面，有效提高了殺菌效果。
紫外線殺菌設備簡單，無需配套設備，成本低，操作管理方便，使用比較廣泛。由于滑道的結構特點及紫外線對微生物的殺滅特性，紫外線殺菌方式一般適合在以下幾類飲料灌裝的瓶蓋中使用：
三、臭氧殺菌
臭氧具有的氧化性質，它可以直接破壞病毒的核糖核酸或脫氧核酸并將其殺滅。臭氧也可以損傷細菌、霉菌類微生物的細胞膜，抑制其生長，并進一步滲透破壞膜內組織，直至細菌、霉菌類微生物死亡。臭氧溶解于水，在濕度大的環(huán)境里殺菌效果非常好，也可以利用臭氧水對瓶蓋進行殺菌。有關臭氧水殺菌將在后面討論。臭氧的濃度越大殺菌效果越好，在臭氧濃度為4.0mg/m3時，殺菌時間一般需要45分鐘到1小時。
由于臭氧殺菌需要的時間很長，對于具備一定生產(chǎn)能力的自動化飲料生產(chǎn)線來說，如果既要滿足殺菌效果又要讓瓶蓋殺菌
四、殺菌水殺菌
殺菌水中存在不穩(wěn)定元素，它們會自行分解。殺菌水殺菌就是利用這個分解過程（氧化過程）對物體表面的微生物進行氧化，從而達到殺菌目的。
常見的具有強氧化性的物質有：過氧乙酸、臭氧水和氯水，臭氧的瞬時殺菌性質優(yōu)于氯。目前，飲料瓶蓋殺菌的殺菌水基本采用過氧乙酸和臭氧水，其中絕大多數(shù)為過氧乙酸。殺菌水的濃度越大，需要的殺菌時間也相應縮短。對于65℃2000PPM的過氧乙酸，通過30秒～60秒時間殺菌，可以使瓶蓋達到商業(yè)無菌的要求。由于殺菌水的殺菌時間短、殺菌效果好，被廣泛應用于果蔬汁飲料的瓶和蓋殺菌。利用殺菌水對飲料瓶蓋進行殺菌的方式主要有噴沖式和浸泡式。
1．噴沖式 是采用多組噴嘴，對瓶蓋的多個方向噴射殺菌水進行瓶蓋表面殺菌，瓶蓋接受噴射的時間應保證微生物能被殺滅。具體方法為：經(jīng)過理蓋后的瓶蓋方向一致地進入瓶蓋軌道，在軌道的上下方設有多組噴頭，每組噴頭可以從不同角度對瓶蓋噴射殺菌水，噴射的殺菌水既對瓶蓋進行殺菌也推動瓶蓋沿著軌道前行。
利用過氧乙酸作為殺菌水時，殺菌水噴沖后的瓶蓋需要接受無菌水的沖洗，以去除瓶蓋上殘留的過氧乙酸，使之殘留量低于相關標準；無菌水沖洗后再用無菌空氣吹干瓶蓋。

五、電解液殺菌
電解是利用惰性電極在液體中通電，其陽極發(fā)生氧化反應，陰極發(fā)生還原反應。目前國外有關人員已經(jīng)研究利用除鹽的飲用水與氯化鈉稀溶液發(fā)生電化反應，在陽極區(qū)得到殺菌效果好于傳統(tǒng)殺菌水的殺菌液。如果把電解原理直接用于瓶蓋殺菌，就可以大大降低運輸和倉儲成本，省時省力，安全有效。